1. J. Siódmiak, A. Gadomski, ”Growing lysozyme crystals under variety of physicochemical conditions – a computer modelling”, J. Noncryst. Solids 354/35-39 (2008) 4221-4226. PDF
  2. A. Gadomski, J. Siódmiak, J. J. Uher, ”Constrained RandomWalk of a carrier in two-dimensional site-percolation lattice, exemplified by virtual and real world scenarios”, Acta Phys. Polon. B 32/5 (2001) 1541-1560. PDF
  3. A. Gadomski, J. Siódmiak, “Kinetics of protein crystal growth in mass convection regime”, Crystal Research & Technol. 37 (2002) 281-291. PDF
  4. A. Gadomski, J. Siódmiak, ”A novel model of protein crystal growth: Kinetic limits, length scales, and a role of double–layer”, Croat. Chem. Acta, 76 (2) (2003) 129-136. PDF + erratum
  5. A. Gadomski, J. Siódmiak, “(Bio)Polymer Crystallization in Water-Containing Environments under Complex Conditions”, Proceedings of the 3rd International Symposium on Food Rheology and Structure, Zurich 9-13.02.2003, Switzerland. PDF
  6. A. Gadomski, J. Siódmiak, ”On the elastic contribution to crystal growth in complex environments”, Physica Status Solidi B, 242/3 (2005) 538-549. PDF
  7. A. Gadomski, J. Siódmiak, I.Santamaría-Holek, J. M. Rubí, M. Ausloos, ”Kinetics of growth process controlled by mass-convective fluctuations and finite-size curvature effects”, Acta Physica Polonica B 36/5 (2005) 1537-1559. PDF
  8. J. Siódmiak, A. Gadomski, ”Computer model of biopolymer crystal growth and aggregation by addition of macromolecular units – a comparative study”, Int. J. Modern Phys. C 17/7 (2006) 1037-1054. PDF
  9. J. Siódmiak, A. Gadomski, E. Pechkova, C. Nicolini ”Computer model of a lysozyme crystal growth with/without nanotemplate – a comparison”, Int. J. Modern Phys. C 17/9 (2006) 1359-1366. PDF
  10. J. Siódmiak, J. J. Uher, I. Santamaría-Holek, N. Kruszewska, A. Gadomski, ”On the protein crystal formation as an interface-controlled process with prototype ion-channeling effect”, J. Biol. Phys. 33/4 (2007) 313-329 (SpringerLink Date: Wednesday, July 02, 2008). PDF
  11. J. Siódmiak, ”Protein crystal’s shape and polymorphism prediction within the limits resulting from the exploration of the Miyazawa-Jernigan matrix”, Biosystems 94 (2008) 233-241. PDF
  12. J. Siódmiak, I. Santamaría-Holek, A. Gadomski, ”On morphological selection rule of noisy character applied to model (dis)orderly protein formations”, J. Chem. Phys. 132 (2010) 195103. PDF
  13. J. Siódmiak, A. Gadomski , ”Model lysozyme crystal versus aggregate (un)confined formation as viewed by recent theory aided by computer experiment” in Synchrotron Radiation and Structural Proteomics Pan Stanford Series on Nanobiotechnology – Volume 3 by Eugenia Pechkova and Christian Riekel (ESRF, Grenoble, France) Pub Date: Winter 2012. PDF
  14. A. Gadomskia, J. Siódmiaka,„Biofizyka dla kierunku Inżynieria Biomedyczna na Wydziale Inżynierii Mechanicznej UTP Bydgoszcz”, skrypt do przedmiotu „Biofizyka”, 2012.
  15. A. Gadomskia, J. Siódmiaka, I. Santamaría-Holek, „On the origin of the phase–space diffusion limit in (dis)ordered protein aggregation”, Physica A 392 (2013) 3155–3167. PDF
  16. J. Siódmiak, „Biomolecular Crystallization in Silico as a Source of the Colour Noise„, Acta Phys. Polon. B 47/11 (2016) 2399-2412. PDF
  17. J. Siódmiak, P. Bełdowski, W. K. Augé II, D. Ledziński, S. Śmigiel, A. Gadomski, „Molecular Dynamic Analysis of Hyaluronic Acid and Phospholipid Interaction in Tribological Surgical Adjuvant Design for Osteoarthritis„, Molecules 22/9 (2017) 1436-1457. PDF
  18. T. Andrysiak, P. Bełdowski, J. Siódmiak, P. Weber, D. Ledziński, „Hyaluronan-Chondroitin Sulfate Anomalous Crosslinking Due to Temperature Changes”, Polymers 10/5 (2018), 560. PDF 
  19. J. Siódmiak, „Gallstone formation as an example of the two-step space confined aggregation process„, Biosystems 176 (2019), 1-5. PDF
  20. J. Siódmiak, P. Bełdowski, „Hyaluronic Acid Dynamics and its Interaction with Synovial Fluid Components as a Source of the Color Noise”, Fluctuation and Noise Letters 18/02 (2019), 1940013. www

 

Inne publikacja/Other publications:

  1. J. Siódmiak, ”Charge screening in colloidal systems. DLVO theory in protein crystallization”, Student Papers-Complex Systems Summer School, Budapeszt, 2001.
  2.  J. Siódmiak, M. Cyrankiewicz, ”Symulacja komputerowa zaprojektowana do opisu zjawiska wzrostu dwuwymiarowego kwazikryształu proteinowego”, Materiały z VIII Warsztatów Naukowych PTSK ”Symulacje w badaniach i rozwoju”, Gdańsk – Sobieszewo, 2001. 
  3. J. Siódmiak, A. Gadomski, ”Od metody wyznaczania szybkości krystalizacji metali do nowoczesnej technologii otrzymywania kryształów półprzewodnikowych i białkowych (From a method of determination of the crystallization speed to the modern technology of growing semiconductor and protein crystals)”, Chemik 10 (2005) 535-538. www, PDF 

 

Rozprawa doktorska pt.:

„Fenomenologiczny i mezoskopowy opis kinetyki formowania uporządkowanych agregatów cząsteczkowych typu amfifilowego w środowiskach dyspersyjnych” PDF